7月2日，数家环保组织向环保部提交了关于昆明石化项目的行政复议申请，要求环保部门撤销环评批准。包括自然之友、自然大学、公众环境研究中心和云南省当地的绿色流域在内的环保组织认为，昆明石化项目的环境影响报告中没有足够涉及公众参与的内容。
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北京市公众环境研究中心主任马军说：“在涉案项目环境影响报告书及其附件中，根本看不到公众参与的踪影……在报告书的综合评价结论中，欠缺关于公众意见的结论性评价。”
现行《环境影响评价公众参与暂行办法》规定，环境影响报告书中没有公众参与篇章的，环境保护行政主管部门不得受理。据此，绿色流域主任于晓刚认为，环保部在缺失公众参与篇章的情形下批准环评文件，不符合行政许可的法定程序，“依法应撤销该具体行政行为。”
中国石油于6月25日公布了人们期待已久的云南石化项目环境影响报告。据这份26页的环境影响报告，昆明在建的千吨炼油项目对当地的环境几乎没有有害影响。
尽管环境影响报告公布本身可被视为一种进步——今年五月接受媒体采访时，云南某官员称该项目的环评报告涉密，不能公开。然而环保人士却并未对此新进展感到欣慰。
自然之友理事李波说，“作为一个涉及重大公众环境权益的项目，中石油云南1000万吨/年炼油项目的前期信息公开却极为有限。”
昆明石化项目为中缅输油管道配套项目，2015年建成后将能满足云南53%的用油需求量，继而缓解云南省油荒现状。
尽管公众更关注有关可用于生产化纤及塑料瓶的致癌物质PX（对二甲苯）的内容，且该石化项目此前因可能包含PX生产项目而引起公众关注并导致数次反PX集会，然而在新近公开的昆明石化项目环境影响报告中，全文未有提及PX。
荷兰瓦格宁根大学社会科学院院长、学术期刊《生态政治学》的联合主编亚瑟·莫尔早前在接受中外对话采访谈到昆明石化项目时表示，“缺乏透明度和公众参与将导致（公众）对于工业设施的设计、选址和决策上的不信任。”
