但这样的“生态保护”遭到专家和公众质疑。“这样的‘保护’应该叫停！”山水自然保护中心（以下称“山水”）创始人、北京大学生物保护学教授吕植表示，以保护草原的名义灭杀鼠兔缺乏科学依据，灭杀鼠兔最后导致的是自然界的平衡一次次被打破。
三江源今年计划灭鼠面积：约5个上海市
三江源地区位于青藏高原腹地，是长江、黄河和澜沧江的源头，被誉为“中华水塔”，也是全球生态系统最脆弱和最原始的地区之一。根据新华社报道，上世纪70年代到2004年期间，三江源地区发生退化的草地面积占草地总面积的40.1%，在鼠害高峰期，“鼠害”面积占三江源生态保护区的17%。“鼠害”被认为是三江源地区草地退化、生态恶化的主要原因之一。
为了遏制日益恶化的环境，2005年，国务院批准实施总投资达75亿的三江源保护和建设一期工程。截至2013年，鼠害治理累计完成11781万亩，投资1.57亿元，是三江源一期26个子项目中除围栏、饲草料补助、生态移民外的重要项目。
而根据去年12月18日国务院通过的三江源二期工程规划，2014年计划完成鼠害防治鼠兔4670.55万亩,约为5个上海市面积，其中高原鼠兔3907.5万亩、高原鼢鼠763.05万亩。
“山水”和北大自然保与社会研究中心，多年来一直在三江源地区从事研究和保护工作。山水三江源项目协调员赵翔认为，对政府来说，建立“鼠兔多–草场差–灭鼠兔–鼠兔少–草场好”这种简单化的单线条逻辑链条，既似乎能说清楚草场退化问题，也能明晰保护行动，成效指标也比较容易衡量。但鼠兔由此变成了无法自我辩护的“替罪羊”。
灭鼠将使三江源生态系统更加脆弱
虽然官方始终将“鼠害”作为三江源地区草地退化、生态恶化的主要原因之一，但研究显示，鼠兔不是草地退化的原因，毒杀鼠兔不仅不能控制其数量，不利于退化草地恢复，还会造成对其它物种的二次伤害，反而使生态系统更加脆弱。
“鼠兔数量增多是草地退化的结果，而不是原因。”北大自然与社会研究中心博士生宋瑞玲说。她认为，由于草地退化，植被盖度降低，为鼠兔的生存和繁殖提供了更好的条件，导致鼠兔数量增多。在植被盖度高的地方，鼠兔维持中等密度，而在因牦牛啃食而植被盖度低的地方，鼠兔的存活率更高。这说明植被盖度低的草地为鼠兔的生存和繁殖提供了更好的条件。另外，科学家乔治.夏勒（ Schaller, for translation)认为，在鼠兔密度高的草地上，有毒植物和家畜不喜食的植物也多，而鼠兔能采食这些植物，从而减缓这些植物的扩散，有利于家畜喜食的禾本科和莎草科植物的生长。
宋瑞玲在三江源地区从事草地、野生动物和放牧关系研究。她引用的新西兰陆地管理研究所Pech教授在西藏那曲草地的研究结果显示，春天毒杀鼠兔后，其种群数量大幅度降低，但到了夏天，鼠兔数量急剧增加，到秋天鼠兔数量与春天毒杀之前没有显著差异。因此通过灭鼠来控制鼠兔数量收效甚微，灭鼠后鼠兔种群数量在一个繁殖季内就能恢复。
“山水”三江源项目协调员何兵在果洛州久治县索乎日麻乡做调查时，一位牧民告诉他：“以前没这么多鼠兔，大概70年代杀了一次，六七年前也杀过，但后来鼠兔越来越多，鼠兔繁殖很快，根本没办法杀完。” 另一位牧民举了自家一小块冬季牧场的例子：第一年投毒把鼠兔杀完了，到第二年马上就恢复起来，草地变得更差。还有一位牧民说，毒鼠兔没有用，这里毒完了，其他地方的鼠兔很快就搬过来，马上又多了起来。
宋瑞玲称，鼠兔是青藏高原高寒草甸生态系统的关键种，它的消失可能导致其他物种的食物或栖息地的消失。毒杀鼠兔还会造成二次伤害，降低生物多样性，使生态系统更加脆弱。例如，毒杀鼠兔的同时，会毒杀其他一些数量稀少的鼠兔种或亚种，还会影响鸟类多样性和数量，特别是褐背拟地鸦等以鼠兔洞为巢穴的鸟类，以及以鼠兔为食物的高山秃鹫等猛禽。食肉动物如赤狐、藏狐、狼、棕熊等，也将因取食有毒鼠兔或缺少食物而减少。
灭鼠必须叫停
中科院动物研究所知名学者解焱表示，应叫停大规模毒杀野生动物，包括在自然区域大规模使用杀虫剂、灭鼠药等。
吕植教授说，灭杀鼠兔的后果，是依靠鼠兔为生的众多食肉动物遭殃。悲剧的是，鼠兔繁殖很快两三年就恢复了种群，而食肉动物却不会那么快恢复。缺了天敌，鼠兔有了泛滥成灾的机会……“自然界的平衡就这么一次次被打破了。”
野生动物摄影师奚志农因在90年代带领倡导保护云南金丝猴活动而出名，他认为，“灭鼠是农牧部门一项延续数十年的‘工作’，若没有更高层的直接关注，叫停不容易。”
中科院成都生物研究所两栖爬行动物保护协会官方微博评论说。如果生态系统是一件毛衣，每个物种是毛衣的线。一个物种数量锐减或者消失了，就相当于毛线旧了或者断了，那么毛衣的洞就会越来越大，而到了那一天，亡羊补牢的机会都没有。
对于灭鼠，赵翔建议，要用科学研究的结果指导生态保护，也需要对项目的成效进行第三方评估，建立公众参与、信息公开的三江源生态保护评估体系。
