最近在中国有关转基因作物的激烈辩论凸显了在科学家与公众之间传播极为缺乏，也显示出政府迫切需要提高透明化。
2009年11月，农业部宣布给两种抗虫转基因水稻和一种转基因玉米颁发了安全证书，后者能帮助禽畜吸收更多的磷元素，磷是玉米和大豆饲料中重要的营养成分。
这个决定立即引发了热议。在3月初，在11届全国人大三次会议期间，120位中国学者就联名签署了公开信，要求农业部撤销转基因作物的安全证书。这些学者大部分是人文和社科学者。
公开信提出了更极端的控诉，它暗示转基因作物造成了实实在在的健康威胁，它们的大规模应用可能对国家非常危险：“批准转基因水稻和玉米商业化意味着中国将成为第一个种植转基因主粮作物的国家，将威胁国家安全。”
同时，在全国政协会议上，致公党也拿出了相关提案，呼吁对发展转基因作物采取谨慎的态度。
一些环保组织表示认同。“如果转基因大米成为13亿中国人的主粮，当前的研究方案并不足以测试转基因作物对下几代的毒性影响，”反对转基因食品的绿色和平组织活动人士方立峰说道。
但另一边，转基因科学家和绝大多数进行安全评估的科学家都认为，这种担忧没有必要。 “我们已经对转基因作物进行过深入广泛的研究，没有任何证据表明转基因作物对环境存在令人担忧的影响”，吴孔明说道。吴孔明是中国农业科学院生物安全科学 家、国家转基因食品生物安全委员会成员，该委员会就政府是否颁发生物安全证书提出建议。
显然，学者们的抗议信搞混了生物安全证书和商业化。生物安全证书并不意味着作物的直接商业化。在大规模商业化之前，还需要大规模实地实验，从获批的种类中开发出更多富有成效的转基因种子，并对这些种子再进行评价。这个过程至少还要再花5年。
获得安全证书的转基因水稻研发者、位于武汉的华中农业大学科学家张启发院士表示，“获得证书之后，我们将开展更大规模的田间试验，获得更多数据测试其安全性，一旦发现问题，我们将终止其商业化进程。”
据农业生物技术应用国际服务机构（ISAAA）2009年年度报告称，如果转基因Bt水稻商业化（Bt转基因水稻是一种转入了苏云金杆菌基因的抗虫转基因作物），将为中国4.4亿稻农每年多创造40多亿美元的收入。
但是方立峰表示，最大的受益者还是那些转基因种子公司，因为农民将无法获得传统的非转基因种子，从而遭受损失。
然而，中科院中国农业政策研究中心的研究员胡瑞法等人的研究表明，以占中国种植面积达70%的转基因棉花为例，棉农无疑是受益的。而且他们也能容易地获得非转基因的棉种。
2006年，利用胡瑞法所在的中心提供的数据，康奈尔大学一个课题组发现由于抗虫棉不能对付的次要昆虫盲椿蟓的增加导致了农药喷洒增加，加上转基因的种子更贵，在获取了7年种植转基因的收益后，2005年种植转基因棉花的棉农收益比种非转基因的传统棉花的要少。
这项研究被反对者广为引用，但是胡瑞法解释，一些棉农开始选择种植更为便宜的非转基因的传统棉花，这是由于Bt转基因棉花在种植了多年之后，目标害虫数量 已经显著下降。此外，2005年是个特殊年份，盲椿蟓的大爆发让农民们措手不及只能狂喷农药。对于次要害虫，还是可能通过提高田间管理来减少农药用药量 的。
多年来，转基因棉花种植面积只是会随着市场价格波动一下，这种稳定的比例说明中国农民是因为相信转基因棉花而非无法获得传统棉种才种转基因的，胡瑞法说。
其它反对使用转基因作物的声音主要针对管理和政策等方面。
今年3月，绿色和平组织宣布在长沙超市中发现了含有转基因成分的大米。从2005年以来，这一组织反复宣称在中国各地发现了含有转基因成分的大米。从中国出口至欧洲市场的大米也好几次被检测出含有转基因成分。
反对者还宣称，转基因水稻的非法种植就是管理不善的体现，一旦实行商业化，并不能保证转基因大米都能得到很好的监测。
张启发承认，转基因水稻可能已经从他的实验室泄露出去，但这主要是因为1990年代在一次科技成果展会上，实验室转基因样品被窃，而不是科学家试图销售转基因大米获利。
他补充道，“如果合法的、优质的转基因水稻品种能够商业化，那么这些非法的品种就能被清出市场。”
但是，反对者认为，如果商业化，政府不太可能有效地管理转基因水稻，在一定程度上这是因为政府在颁发转基因作物生物安全证书时缺少透明度。
农业部在一片抗议声中承认了生物安全证书其实颁发得更早——在2009年8月就颁发了，但是一直到11月才正式发布公告。
这番供词更是激起了全国范围的抗议，但农业部没有回应。
但是在张启发看来，农业部晚些时候公布也无可厚非，“因为这是农业部的常规工作。”
尽管张启发这么说，但是他与其他转基因科学家一样，已经意识到必须加强传播工作来帮助公众更好地理解转基因科学。
虽然全世界权威学术刊物上发表的论文都无法表明转基因作物的现实危害，也不能提供有关潜在危害的证据，很多公众和环境组织仍然拒绝科学家们认为转基因对人 类健康和环境无害的结论。相反，一些有关转基因可能有害的研究一经发布，立刻就会引起广泛关注，尽管这些研究从来没有发表在科学家们普遍认可的权威刊物 上。
公众对转基因的抗议甚至导向了对腐败的谴责。有人认为转基因科学家是一个利益集团，推广转基因就是为了自己获益。
而且，尽管发展中国家越来越多的农民开始种植转基因，但是担心环境问题的抗议者们主要居住于城市，并不能看到农民们的收益。
张启发拒绝了科学家出于个人利益促进转基因作物的说法，他说道，科学家们并不能从商业化中获益，因为转基因作物的知识产权是属于国家的。
吴孔明赞同张启发的观点，“如果说是利益导向，我们这些搞生物安全评估的人的利益应该与转基因科学家是冲突的才对。但是我们做出的[生物安全和健康]评价都是基于科学证据而不是我们的个人意愿。”
中国科学家们开始在传播上采取工作了。在受到中科院委托的一份正在调研和撰写中的有关转基因作物前景的院士咨询报告中，添加了有关传播的章节。这在中国多年来几百份院士咨询报告中是破天荒头一遭。
但是报告自身并不能保证传播效果。科学的逻辑——只承认同行认可的证据推导出来的结论——并不能轻易地被翻译成媒体和大众愿意接受的逻辑，后者经常愿意接受一些耸人听闻的、经常是负面的新闻。
有关转基因作物对几代人之后的威胁这种担忧经常被科学家们轻易拒斥，认为它没有意义，不是科学问题（科学不能证明其风险，因为找不到几代以后的证据），但是这个问题必须被科学家认真对待，在加强长效评估研究的同时，科学家们必须积极向公众解释。
我们需要以喜闻乐见的方式在传播现有研究上做更多工作，也需要改善决策、管理和监督的水平。英国Sussex 大学科技政策研究员、研究中国转基因政策的Adrian Ely表示， “透明化是建立公众长期信赖的关键因素。”
贾鹤鹏, 中科院《科学新闻》杂志总编辑、科学报道沙龙共同创始人、也是有关转基因作物前景的院士咨询报告的传播部分主笔之一 。
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