仇保兴说，如果北京三分之一的建筑能够回收生活废水，再加上雨水收集利用，那么投资近3500亿元的南水北调工程就可以被取代。
仇保兴名为《我国城市水安全现状与对策》的文章刊登在二月份的《给水排水》杂志中。南水北调工程2002年正式动工，围绕其高额投资、环境效益和移民问题的争议不断，但像仇保兴这样的高级官员公开反对南水北调，非常罕见。
南水北调工程共分为东、西、中三线。其中东线已于2013年12月开始向山东省等地区供水。
“随着调水规模越来越大、距离越来越长，带来了调水越来越困难、调出地水生态破坏越来越严重等诸多问题。”仇保兴写道。
仇保兴在文章中说：“通过多次循环利用完全可以替代长距离调水；如再加上海水淡化、雨水收集等非传统水资源利用，我国绝大多数城市有能力解决自身水资源短缺问题。 ”
仇保兴说，南水北调工程已造成某些地区新的污染问题。他说，调来水与当地水出现“水土不服”的情况越来越多，一些地方出现了调来水与当地水成分差异导致自来水管道内的水垢溶解析出，形成了新的污染。该问题“相当难以治理。”
中国现正被南水北调中线的严重污染问题所困扰。中线预计2014年开始供水。
中国环保部2013年11月承认，当地工厂、餐馆长期以来向流入丹江口水库的河流倾倒未经处理的废水。丹江口水库位于湖北省，是南水北调中线的供水源头。
“以长距离调水解决水资源短缺的模式在一定程度上已经陷入困境。”仇保兴说。
仇保兴认为，如果中国继续坚持进行南水北调工程，那么新的水危机问题将出现。
中国近期水危机频发。2013年3月，上海市黄浦江内打捞出16000只病死猪。
仇保兴说，随着中国持续城镇化，国家已进入水污染危机高发期和修复水生态恶化的关键期。
他说：“一旦错过这个机会，将会付出极为高昂的治理代价。通过调水解决城市水危机，常会引发难以预计的新的水生态问题，且难以持续。”
